Из Николаевской церкви узкий коридор уводит нас в самое сердце скалы. Здесь был погребен архимандрит Арсений, с чьим именем связано восстановление монастыря в XIX в. Недалеко от его могилы в память о настоятеле в 1860-1861 гг. была построена еще одна пещерная церковь во имя Алексия, человека Божия (мирское имя архимандрита Арсения - Алексий). После закрытия монастыря в церкви, как и в других пещерных сооружениях, был открыт антирелигиозный музей, уничтоженный во время Великой Отечественной войны. Бытует очень популярное мнение о тайном пещерном ходе из скалы к реке или даже на левый берег реки Донец. Достоверных источников, подтверждающих это, не найдено. Тайный ход к Донцу действительно мог существовать. Но так как он имел исключительно оборонное значение, то о его наличии могли знать очень немногие.

В этих меловых пещерах в течение 17 лет, практически безвыходно, жил и молился Св. преподобный Иоанн Затворник. Его келья находилась рядом с пещерной Николаевской церковью. До настоящего времени она не сохранилась: мел - мягкий камень, и за всю историю монастыря зафиксировано много случаев обрушения меловых сооружений. Поэтому сегодня вопрос сохранности пещер - один из самых актуальных.